微生物群在肠道健康中具有重要功能，它可以通过附着在上皮壁中的粘液层，形成保护上皮细胞的屏障。许多共生菌和致病菌粘附于粘液层中的复合碳水化合物里。

肠道粘液中的微生物对肠道健康起到重要作用

而共生细菌的粘附，会防止条件性致病菌的定植。这是肠道粘液层的定植抗性或保健作用。微生物群中的细菌会产生多种不同的化合物，包括维生素(维生素K和B族维生素)，挥发性脂肪酸(乙酸、丁酸和丙酸)，有机酸(乳酸)和抗菌化合物(细菌素)。微生物群为动物提供了保护和营养。

微生物群调节宿主抗击病菌

挥发性脂肪酸和乳酸也具有高效的抗菌活性，特别是对革兰氏阴性病原体如大肠杆菌和沙门氏菌非常有效。因此，若能在大肠中拥有产生这些酸良好环境，有利于保持动物健康。

由微生物群产生的几种代谢物，也会刺激肠道中的神经内分泌细胞，因此，微生物群对肠道功能的内分泌调节中起着重要作用。肠道微生物群通过促进饲料的最佳消化和吸收，调节能量代谢，预防粘膜感染，调节免疫系统，对宿主体内稳态起到调节作用。

反之，如果微生物群失衡，就会出现微生态失调的情况。微生态失调，会导致细菌病原体，如猪禽中的沙门氏菌和家禽中的弯曲杆菌的生长，导致人类食品的污染。在家禽中，菌群失调也表现出肠屏障渗漏和肠道炎症。

禁用AGP后菌群平衡更为重要

这些问题已成为畜禽生产中的主要问题，自2006年欧盟禁止动物饲料中的促生长用抗生素(AGP)以来更为显著。

仔猪断奶后腹泻，也是菌群失调的另一个重要例子，目前有很多营养策略来解决这种菌群失调，用以提高仔猪断奶后的生长性能。包括使用低蛋白日粮，使用益生元、益生菌和有机酸等，这些对肠道健康都具有积极影响(Heo等人，2013)。

营养策略是减少耐药基因的方法

微生物群也具有潜在的健康风险。因为它含有抗生素耐药性基因，例如，在使用药物和不使用药物的猪群里，都发现了携带多重耐药性基因(ARG)的 微生物群(Looft等，2014)，检测到213种不同的耐药性基因。

在所有物种中都发现了抗生素耐药性基因。在一项关于肉鸡微生物群的研究中，发现了针对杆菌肽、四环素和万古霉素的抗生素耐药性基因(Sergeant等，2014)。在肉牛中，发现了约204种与抗生素耐药性相关的基因(Auffret等，2017)。

微生物群调节的另一个挑战是减少因耐药性所致的动物发病率。在喂养牧草或精饲料的肉牛中，两组都有抗生素耐药性基因(Auffret等，2017)。然而，这些基因的多样性和丰富性，在饲料饲养的动物中，比在放牧喂养的动物中更高。这表明营养策略可能是一种减少AGR丰度的潜在方法。

动物的营养是控制微生物群组成和代谢活动的重要因素(Bauer等，2006)。因为细菌种类有不同的底物偏好和生长要求，因此消化物的化学组成和结构，在很大程度上决定了微生物群中细菌群落分布。因此，微生物群的性质和代谢功能，很大程度上受到饲料复杂成分的影响。

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