为孵化场提供干净种蛋的重要性无论怎样强调也不为过。种蛋对于细菌入侵毫无防范能力，因此必须确保种蛋产在最清洁的表面上，即产蛋箱内。不过，这一过程有时充满挑战性。幸运的是，您可按照以下步骤改进种蛋收集管理系统，以便尽可能多地供应干净种蛋。
产蛋初期，应鼓励母鸡将蛋产在产蛋箱内，避免产在地面上(我们将在下一期文章中详细阐述产蛋箱管理)。种蛋产下后，保护蛋壳气孔的表皮层需要三分钟才能变干，但种蛋也正是在这短短的三分钟内最容易受到污染。如果种蛋产在脏污的表面上，细菌很可能会渗透蛋壳，进而有可能降低孵化率。
当然，所有种蛋的表面均携带有不同程度的细菌量。由于胚胎无法对抗细菌，我们必须在细菌渗入到种蛋之前灭菌。因此，我们建议，种蛋应在产下后两个小时内消毒，或每天应至少收集六至八次蛋，以减少种蛋受到有害细菌侵袭的几率。