家禽的整个消化道含有大量的种类各异的微生物群落。消化道中细菌数量比宿主细胞总数还要多（Mead, 2000; Gordon, 2005）。现代分子生物学和分析技术的应用让我们对家禽肠道微生物菌群有了空前的认识。

微生物菌群的建立

家禽利用后肠道进行发酵，在盲肠中容纳有大量的不同种类的微生物。消化道中的微生物最开始粘附在肠粘膜或者食物颗粒表面，或者在肠腔中自由生长。

微生物表面黏附生长很重要，因为肠道有些地方食物通过的速度很快，很容易将他们排出体外。这样就不难理解微生物活动最活跃的地方是条件相对稳定，营养物质可以保留较长时间让微生物很好生长的地方（Mead,2000）。

微生物菌群的建立需要某些在肠道良好生长而另一些微生物被抑制减少，最终达到菌群共生平衡状态（Hentschel 等，2000）。在家禽要建立小肠微生态平衡需要出生后两周才能完成，而盲肠要建立好的微生态平衡需要超过30天（Barnes 等, 1972）。建立速度慢的主要原因是孵化过程中的严格消毒以及对饲养环境严格消毒造成的，在这种情况下自然环境中的健康微生物很难进入家禽的消化道。

肠道微生态系统的影响因素

与所有的生态系统一样，肠道微生态系统的特征、种群组成和稳定性受到三个因素的影响。1）生态系统的生理和化学条件；2）底物状况和营养平衡；3）微生物活性。

首先是细菌组成（数量和比例）是特异性的，因动物的年龄、生理状态、肠道不同部位的生理环境不同而改变。如果微生态系统的生理化学条件发生变化微生物群落的特性就会发生变化。其次，日粮组成影响营养成分含量，这会导致肠道微生态系统发生改变。假如改变日粮和营养组成，肠道微生物会因底物的改变而迅速改变发酵特性，尤其是在前肠道消化吸收功能下降的情况下。

日粮的纤维物质是共生微生物重要发酵底物，对微生物菌群数量和发酵有深刻的影响。最后，有很多的前营养物质和生物活性物质进入到动物的消化道微生态系统，可以是随着日粮或者添加剂进入的，也可以是由宿主分泌的，或是细菌发酵产生的。这些前营养物质和生物活性物质可能会对肠道微生态系统有复杂和深刻的影响，通常这些影响是有益的，但是有时候也可能是有害的。

肠道微生物是所有动物不可分割的组成部分，像其他的生物一样他们对环境和营养有要求。细菌从日粮中获得用于自身繁殖和生长的能量。这些营养物质要么是不能被动物消化吸收要么就是动物吸收速度太慢才能被肠道微生物所利用。

因为微生物种类不同，他们生长所需要的营养物质和环境也不相同，饮食结构和营养组成决定了肠道微生物的组成和分布。细菌代谢底物和所需营养的组成决定了动物肠道微生态系统的结构（Wagner and Thomas, 1987)。因此更好的理解肠道微生态系统可以为设计更好的营养策略来控制有害菌的数量，比如通过建明枯草芽孢杆菌PB6控制梭菌数量，提高有益菌的数量，减少肠道疾病的发生提供指导。

肠道蠕动的作用

良好的肠道蠕动能力对家禽食物消化、营养吸收和保证肠道微生态平衡非常重要。食物的结构（纤维含量、颗粒大小、颗粒完整性）对肌胃的发育和蠕动很重要，肌胃控制着肠道蠕动能力（Duke, 1994）。

与哺乳动物不一样，家禽的肠道逆蠕动非常频繁，这是其补偿肠道过短的一种机制。

逆蠕动将食物长时间暴露在消化液当中，充分与消化酶接触提高消化率，用很短的肠道就能提高对营养物质的吸收，同时还可以减少与宿主竞争营养的微生物或致病的微生物繁殖。

肠道紊乱，如腺胃炎，肌胃糜烂、腹泻可能与食物加工过度造成的肠道蠕动紊乱有关。现代饲料加工（粉碎、加热、膨化、制粒）的目标是减少家禽采食的时间、提高饲料消化率、促进最大采食量和最佳的生长速度。

肌胃的作用

所有的投资都花在了减轻肌胃磨碎食物这个环节上，但是高度加工的饲料导致肌胃萎缩和功能障碍，这时肌胃不再是一个磨碎食物的器官，而是一个转运食物的器官。当家禽采食高度加工的饲料后肠道不再发生逆蠕动，为了消化大量的食物，必须分泌大量消化液进入肠道，从而导致腹部发生肥大。